Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.
Leiutaja Randall Peltzer ostab ühelt vanalt hiinlaselt armsa välimusega loomakese ja kingib selle oma pojale sünnipäevaks. Loomakese pidamisel on kolm reeglit, talle ei tohi anda vett, tuleb vältida eredat valgust, eriti päevavalgust ja teda ei tohi toita pärast keskööd. Muidugi saab juhuslikult loomake märjaks ja paljunemise tulemusel tekib veel viis Mogwaid, nii on nende loomakeste nimi. Erinevalt esimesest, on need isendid oluliselt pahaloomulisemad ja pärast kesköist söömist ja kookonitest kasvamist on valmis väikesed koletised kes kogu linna terroriseerima hakkavad. Neel musta huumorisoont omavad loomakesed paljunevad pärast basseinisattumist ja nüüd on linnaelanikud tõsise probleemi ees.
50 aasta pärast hakkab Päike kustuma ja ilma Päikeseta pole ka Maal elu. Et inimkonda päästa, saadetakse teele rühm astronaute, kes peavad päikeses vajaminevad reaktsioonid taaskäivitama. Missioon küll ebaõnnestub, aga kõik pole siiski kadunud. 7 aastat hiljem saadetakse viimases lootuses teele teine meeskond. Kuid see, mis seitsme aasta eest nende eelkäijad peatas, võib ohustada ka neid...
