Ripleyn kertomukseen hirviöstä ja Nostromo-aluksen miehistön kohtalosta suhtaudutaan epäillen. Kun planeetta LV-426:n asukkaat häviävät oudoissa olosuhteissa, hänet kuitenkin nimitetään johtamaan ryhmää, joka lähetetään tutkimaan asiaa. Uusi painajainen alkaa...
Ellen Ripley kuoli taistellessaan täydellistä saalistajaa vastaan. Kaksisataa vuotta myöhemmin, kun hänelle on tehty kauhistuttavia kokeita, hän on jälleen elossa. Asekehittelyn yhteydessä tiedemiehet kloonaavat Ripleyn ja hänen sisällään uinuvan avaruusolennon. Ylösnoussut Ripley on täynnä yllätyksiä, kuten hänen sisällään oleva oliokin. Pian helvetti on irti. Voittaakseen olion Ripley liittoutuu salakuljettajien kanssa. Heidän joukossaan on Call -niminen mekaanikko, jolla on myös enemmän, kuin yksi yllätys takataskussaan.
Luutnantti Ripley on ainoa eloonjäänyt, kun hänen avaruusaluksensa putoaa vankilaplaneetta Fiorina 161:lle. Ripleyn pelko siitä, että Alien-hirviö oli aluksella, vahvistuu, kun vankien ruumiita alkaa löytyä. Ripleyn täytyy johtaa aseeton joukko taisteluun hirviötä vastaan. Pian hän huomaa jotain karmaisevaa omasta suhteestaan hirviöön.
On vuosi 2154. Joukko toisilleen vieraita miehiä ja naisia herää keskellä klaustrofobista sokkeloa, muistamatta keitä he ovat ja miten he ovat sinne joutuneet. Ryhmän on opittava tulkitsemaan mystisiä koodeja ja ymmärtämään signaaleja sekä taisteltava hengestään tietämättä, että samalla koko maailman kohtalo on heidän käsissään.
