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世界が崩壊してから100年後の未来。復興を果たした人類は、16歳で受ける選択の儀式によって人々を軍・警察にあたるドーントレス、政権を運営するアブネゲーション、教育・研究を担うエリュダイトといった五つの共同体に振り分け、そこで人生を全うすることを強制していた。16歳になったトリスも選択の儀式を迎えるが、どの共同体にも適さない異端者（ダイバージェント）と判断されてしまう。異端者は政府に抹殺されるのを知った彼女は、うそをついてドーントレスへと所属する。

青年注射技師シドは、セレブのウイルスをマニアに注射するクリニックに勤務し、希少価値の高いウイルスを闇マーケットに横流しするという違法行為に手を染めていた。そんなある日、究極的な美貌を誇るハンナが原因不明の重病に冒されて死亡。ハンナから採取したウイルスを自らに注射していたシドも幻覚症状に襲われるようになり、やがてウイルスをめぐる巨大な陰謀に巻き込まれていく。