에일리언과의 싸움에서 간신히 살아남은 리플리는 잠든 채로 57년을 떠돌다 구조선에 의해 구출된다. 회사는 리플리를 비롯한 당시 승무원들이 노스트로모호를 잃어버린 것을 추궁하지만 에이리언 얘기는 믿지 않는다. 이때 지구와 한 혹성 거주민들의 통신이 두절되는 사건이 벌어지자 리플리는 고문 자격으로 해병대와 동행하게 된다. 혹성에 도착한 해병대원들은 곧 혹성 거주민들이 에일리언 유충의 산 먹이로 된 것을 목격하고, 곧이어 벌어진 교전에서 여러 대원들을 잃는다. 그들은 혹성 거주민들의 실험실로 대피하고, 리플리는 이곳에서 마지막 생존자인 뉴트를 발견하게 된다.
페레즈 장군이 지휘하는 연방군 의학탐사선 아우리가호는 에일리언과의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이와 함께 복제된 퀸 에일리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 에일리언을 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 것. 한편 리플리 또한 에일리언과의 유전자 결합으로 본능이 극대화된 뜻하지 않은 결과로 과학자들을 고무시키고, 페레즈 장군은 단지 에일리언을 재생하기 위한 부산물에 불과한 리플리를 두고 갈등한다.
리플리와 2명의 생존가 잠들어있는 타임 캡술은 지구로 귀환 중이다. 하지만 이미 에일리언이 침입하게 되어 화재가 나자 리플리를 포함한 생존자들은 구명선에 타고 근처에 있는 광석 제련 설비를 갖춘 Y-염색체 이상범죄자 수용소인 피오리나 161 혹성에 비상 착륙한다. 혹성은 웨이랜드-유타니 노동 교도소 161이라는 범죄자들의 유배지로 사용되는데, 에일리언에 의해 그곳에 살고 있는 개의 몸에서 새끼가 부화된다. 들짐승같이 행동하는 에일리언에 의해 수용인들이 하나 둘 죽어가고, 리플리는 유배되어 있는 25명의 범죄자들과 같이 이 괴물을 잡기로 하는데...
완벽히 통제된 미래 사회 10명의 남녀가 거대한 미로, 안드론에서 깨어난다 코드를 해독하고, 시그널을 읽고, 장애물을 뚫어라! 그리고 살아 있는 미로를 탈출하라! 단 한 사람만 살아남는다!
