Op een kolonie ver van de bewoonde wereld leeft een groep jonge personen. Ze worden echter uitgebuit door het bedrijf waar ze voor werken en om hieraan te ontsnappen, breken ze in op een nabijgelegen verlaten ruimtestation. Ze komen er in contact met de meest gruwelijke levensvorm uit het universum. Er volgt een gevecht dat ze zonder enige hulp van buitenaf moeten zien te overleven.
Na de gebeurtenissen thuis wordt de familie Abbott nu geconfronteerd met de verschrikkingen van de buitenwereld. Ze worden gedwongen het onbekende in te gaan en beseffen dat de wezens die op geluid jagen niet de enige bedreigingen zijn die buiten het zandpad op de loer liggen.
Een Amerikaans onderzoek op Antarctica wordt verstoord doordat er door een langsvliegende Noor op een husky wordt geschoten. De hond wordt bij de andere in de kooi neergelegd, maar 's nachts muteert de hond en vermoordt alle andere honden.
Enkele jaren na de gebeurtenissen uit de eerste film is het Jaegerprogramma ten prooi gevallen aan corruptie en zijn de massavernietigingswapens in verkeerde handen gevallen. De machine Gipsy Avenger is hiervan een voorbeeld.
Na een feestje wordt een groep vrienden midden in de nacht gewekt door geheimzinnig blauw licht dat door het raam naar binnen schijnt. Als motten aangetrokken door een vlam lokt het licht mensen naar buiten, waar ze plotseling in het niets verdwijnen. Snel ontdekken ze dat buitenaardse wezens proberen de gehele mensheid te vernietigen. De mensheid vecht tot het uiterste om te overleven.
Wanneer ruimtewetenschappers een mysterieus merkteken van aliens ontdekken, menen zij het ontstaan van leven te hebben ontmaskerd. Bij het verwijderen van het teken komt echter een vreselijk soort buitenaardse wezens vrij, die gevangen hebben gezeten in de kern van die planeet. De wetenschappers en ruimtevaarders krijgen nu te maken met verschrikkingen die zij niet mogelijk hadden gehouden.
Een raket maakt een nogal chaotische landing in het open landschap. Het leger arriveert al snel ter plaatse, gevolgd door de beroemde natuurkundige Bernard Quatermass en zijn assistenten, en een vrouw die toevallig de vrouw is van een van de passagiers van het ruimtevaartuig...
Een aantal wetenschappers experimenteren in een ondergrondse bunker en ontdekken dat ze naar een andere dimensie kunnen reizen. Ze nemen per ongeluk een paar gevaarlijke monsters mee terug, die al gauw de smaak van mensenvlees te pakken krijgen.
Een ruimteschip dat terugkeert van de eerste bemande vlucht van Venus, crasht in zee en bevrijdt een klein monster dat toevallig aan boord was gekropen. Het monster blijkt echter een gevaarlijke Ymir te zijn, en als het beest volwassen is geworden, dreigt het Rome aan te vallen.
De film gaat over een slaperig stadje dat voornamelijk wordt bevolkt door buitenaardse wezens die zich verdacht genoeg al lange tijd voordoen als mensen om uiteindelijk de planeet te ontdoen van hulpbronnen die ze nodig hebben om te leven.
When the mysterious deep space research vessel USCSS Maginot crash-lands on Earth, Wendy and a ragtag group of tactical soldiers make a fateful discovery that puts them face-to-face with the planet's greatest threat.
