Na 57 jaar hyperslaap wordt Ripley toevallig opgepikt door een ruimteschip. Ze krijgt tijd om zich te ontspannen en hoopt dat de nachtmerrie met het levensgevaarlijke buitenaardse monster eindelijk voorbij is. Helaas heeft een kolonie terraformers op de planeet LV-426 het ruimteschip ontdekt waar de Alien vandaan kwam.
Ripley strandt met haar ruimteschip op een gevangeniskolonie. Zonder dat ze het weet heeft ze per ongeluk een Alien meegenomen die zich aan boord had verstopt. Nu moet ze met hulp van de gevangenen de Alien proberen te vernietigen, maar dit is erg lastig aangezien ze niet over wapens beschikken.
200 jaar na haar dood wordt Ellen Ripley gekloond om DNA van de Alien Queen uit haar te halen. Het bedrijf dat dit financiert wil namelijk de Aliens als wapens gaan gebruiken. Helaas blijken de Aliens slimmer dan ze dachten en binnen de kortste keren moet Ripley met behulp van een aantal ruimtepiraten ervoor zorgen dat de Aliens niet op aarde terecht komen.
Een groep mensen zit gevangen in een mysterieus en dodelijk doolhof. Niemand van hen weet hoe ze er terecht zijn gekomen zelfs niet meer hoe ze heten. Ze zullen middels het ontcijferen van tekens en codes antwoorden moeten zien te vinden en het geheim achter Andròn zien te ontdekken.
