Et romskip er på vei til Jupiter for å undersøke en mystisk monolitt på drabanten Clavius. Om bord er de to unge mennene Dave og Frank, og ekspedisjonen ledes og styres av den ikke helt pålitelige datamaskinen HAL 9000. En film om menneskets fantastiske reise i tid og rom fra apestadiet til romalderen, på jakt etter tilværelsens sannhet.
Hellboy stod opp av flammene fra Helvete under den andre verdenskrig og ble brakt til denne verden av den onde og gale Grigori Rasputin. Hellboys skjebne ble forutbestemt til å være en forkynner av apokalypsen og å begå ondskap, men slik gikk det ikke. Han ble reddet av allierte styrker ledet av Professor Broom, grunnleggeren av den hemmelige organisasjonen B.P.R.D - ”Byrå for overnaturlig forsking og vitenskap”. Under Brooms vinger videreutvikler Hellboy sine ekstraordinære og overnaturlige evner. Til tross for hans forutbestemte ondskap, blir han selve symbolet på det gode. En viktig kraft i kampen mot de onde kreftene, som stadig truer med å nedkjempe vår verden.
