Året är 2035. Ett virus har spritt sig på jorden och nästintill utrotat dess befolkning. De som fortfarande lever bor i underjorden. En grupp forskare beslutar att fången James Cole ska skickas tillbaka till 1996 för att spåra virusets utbrott och den grupp som misstänks ligga bakom det hela, "De 12 apornas armé".
År 2032 vaknar ärkeskurken Simon Phoenix efter att ha varit nedfryst i CryoPrison i 35 år, och finner ett lungt San Angeles utan brottslighet som är redo att erövras. Myndigheterna är inte kapabla att handskas med Phoenix brutala 1990-tals stil, och de behöver en gammaldags polis som kan bekämpa gammaldags brott. De tinar upp polisen John Spartan, som är oskyldigt dömd till fängelsestraff i CryoPrison på grund av sitt senaste möte med Phoenix.
Ett tv-team söker svar på något de misstänker att regeringen försöker mörklägga. Detta leder dem ner i gamla tågtunnlar djupt under Sydney. På jakt efter sin story märker de snart att det är storyn som jagar dem.
Två främlingar blir fångade under jorden när staden attackeras av ett monstruöst hot. Svårt skadade och med begränsade resurser måste de navigera genom en förrädisk, avsmalnande tunnel i hopp om att hitta en utgång.
Märkliga saker händer i Riverdale, Illinois. En enorm, till synes utomjordisk struktur har hittats som sticker upp ur jorden. Senator Walter Powers skickas för att undersöka det mystiska föremålets ursprung och upptäcker att parasiter från jordens centrum har infiltrerat staden, tagit kontroll över myndigheterna och arbetarna, omöjliggjort kommunikation med omvärlden och lämnat ansvaret för att stoppa invasionen till Powers och en liten grupp fria individer
