Tillbaka på jorden möts Ripleys berättelse om Alien och besättningens grymma öde möts av skepsis. Men då kolonister på planeten LV-426 försvinner under mystiska omständigheter, utses hon till ledare för en grupp experter som skickas ut för att undersöka saken. Där börjar mardrömmen på nytt.
Ellen Ripley dog i kampen mot den perfekta rovdjuret. Två hundra år och åtta fasansfulla experiment senare är hon tillbaka. En grupp forskare har klonat henne, med aliendrottningen inuti hennes kropp, i ett försök att utveckla det perfekta vapnet. Men den återuppståndne Ripley är full av överraskningar, för såväl sina skapare som för monstren. Snart utvecklar sig mer än ett rent helvete! För att bekämpa monstren tvingas Ripley att alliera sig med en smugglarliga. Bland medlemmarna finns en mekaniker vid namn Call, som också sitter inne med en hel del överraskningar.
Löjtnant Ripley är ensam överlevande när hennes trasiga rymdskepp kraschlandar på Fiorina 161, en rå och öde planet som bebos av interner från planetens rymningssäkra fängelse. Ripleys fruktan för att ett Alien-monster fanns ombord på hennes rymdskepp bekräftas när f.d. fångars lemlästade kroppar börjar dyka upp. Utan vapen eller modern teknologi ska Ripley leda sina män i kampen mot det fasansfulla odjuret. Och snart inser hon något fruktansvärt om sig själv - monstret kanske inte är hennes största fiende...
En grupp människor är instängda i en mörk, klaustrofobisk labyrint, där de måste kämpa för att överleva medan omvärlden ser på.
