Nostromo'dan kurtulan tek kişi olan Teğmen Ellen Ripley, yarım yüzyıllık derin uykusundan uyandırılarak dünyaya getirilir. Bu sırada yaratıkları buldukları gezegenin sonradan kolonileştirildiği ve insanların yaşadığını öğrenir. Söz konusu koloniden bir süredir haber alınamamaktadır ve Ripley, uzman bir komando ekibi ile yaratıkları yok etmeye ve sağ kalanları kurtarmaya gider.
21. yüzyılda genetik mühendisliği çok gelişmiş ve bilimsel olarak kusursuz insanlar yaratılmaktadır. Özel pozisyonlar için yetiştirilen bu yeni süper insan ırkı yüzünden, normal yollardan dünyaya gelmiş insanlar işsiz kalmakta ve ikinci plana itilmektedir. Onlardan biri olan astronot adayı Vincent, Gattaca şirketinde ancak temizlikçi olarak iş bulabilecekken, komadaki bir atletin kan örneklerini ve kimliğini alarak iyi bir pozisyonda işe girer. Fakat şirkette işlenen bir cinayet, olayı araştıran dedektifin dikkatini Vincent'ın üzerinde yoğunlaştırmasına sebep olacaktır.
Lovell, Jack Swigert ve Fred Haise'den oluşan Apollo 13 ekibi, NASA'nın yürüttüğü beşinci uzay görevinin sırasında "yarı yolda" oksijen tanklarından birinin patlaması yüzünden güç ve oksijen sıkıntısı çekmeye başlarlar ve aracın Dünya'ya dönmesi risk altına girer. Geri kalan oksijeni idareli kullanırken donma ve havasızlıktan ölme tehlikelerini göze alan ekip ne pahasına olursa olsun yörüngeden kurtularak Dünya'ya dönmeyi deneyeceklerdir. Fakat Houston'daki komuta merkezindeki görevliler hasar görmüş olan aracın atmosferden geçerken yanarak parçalanabileceğini tahmin etmektedir.
Daft Punk'ın müzik videoları 'One More Time', 'Aerodynamic', 'Digital Love' ve 'Harder Better Faster Stronger"da anlatılan hikayenin devamı olarak çekilen film, kliplerde gördüğümüz şeytani bir müzik yapımcısı tarafından bir gezegenden kaçırılan mavi renkli müzik grubu üyelerinin insana dönüştürüldükten sonraki hikayesini anlatıyor. Son videonun kaldığı yerden hikayeye devam eden filmde, dünyaya yollanan ve insanlar arasına karışmak zorunda kalan grup üyelerinin karşılaştıkları zorlukları, eski kimliklerine ve ait oldukları gezegene dönme çabalarını görüyoruz.
