Історія розказує про героїчні зусилля криптозоологічного агентства «Монарх», яке намагається стримати гігантських монстрів. Цього разу проти могутнього Ѓодзілли виступають Мотра, Родан та ультимативний кайдзю — триголовий монстр Кінг Гідора. Коли ці древні суперхижаки, які з плином часу перетворились на напівзабуті міфи, повстають знову, щоб зійтись у протистоянні, людству тільки й лишається, що відійти в сторону та намагатись не загинути.
В кінці минулого століття, всі монстри Землі були зібрані та безпечно поселені в Монстерленді. Хаос починається, коли раса інопланетян, відома як Кілааки, випускає на волю монстрів по всьому світу.
У пошуках свого брата, Ріота, разом з двома іншими підлітками, потрапляє на човен, що належить злочинцю. Група зазнає корабельної аварії на острові Летчі і виявляє, що тубільці острова Інфант були поневолені терористичною організацією, яка контролює ракоподібного монстра. Знайшовши сплячого Ґодзіллу, вони вирішують розбудити його, щоб перемогти терористів і звільнити тубільців.
Після корабельної аварії пасажири лайнера опиняються на острові Бейру, де колись проводилися випробування ядерної зброї. Флора і фауна острова мутували. Рятувальники, які знаходять жертв, здивовані, що в тих, хто вижив, не спостерігається ніяких ознак впливу радіації. У ході дослідження острова учені знаходять безліч дивних речей, а також двох крихітних фей, яких лідер експедиції Кларк Нельсон вирішує викрасти й забрати з острова на материк попри те, що вони попереджають його про свій телепатичний зв'язок з велетенським метеликом Мотрою, який негайно вилітає на допомогу своїм феям.
На пляжі, постраждалому від тайфуну, виявляють велетенське яйце величезного метелика Мотри, божества острова Інфант. Незважаючи на протести ученого Міури та застереження двох фей-ліліпутів, бізнесмен Кумаяма і його начальник Торахата збираються зробити з яйця приманку для туристів. Феї знаходять підтримку в особі професора Міури та його друзів — репортерів Ітіро Сакаї і Дзюнко Наканісі. Вони з усіх сил намагаються повернути яйце назад на острів Інфант, але їм це не вдається. Між тим яйце становить велику загрозу, оскільки гусіні Мотри можуть стати причиною непоправних катастроф.
